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赛默飞公司宣布基于标签测序的液体活检检测
时间:2016-08-10 14:36 阅读次数:
 


Thermo Fisher Scientific(赛默飞)公司发布了一款仅限于研讨应用的液体活检检测产品——Oncomine Lung cfDNA Assay,该产品基于标签测序(tag sequencing)技巧开发,在Thermo的Ion S5系统上运行,但并不应用AmpliSeq试剂进行靶向扩增。新方法依附于分子标记跟 一个两步扩促进程,以确保检测极限达到0.1%。

该款液体活检检测的特色

该检测剖析了与肺癌相关的11个基因中的150个热点SNVs跟 indels,需要用Ion Chef样本制备仪器跟 S5测序仪运行,从DNA提取到出成果的工作周期为3天。应用Ion 530 chip,可同时检测8个样本。

在内部验证研讨中,Thermo Fisher证明,对等位基因频率为0.1%或更高的变异,该检测的平均敏锐度跟 特异性分辩为90%跟 98%。而平等位基因频率为0.5%或更高的变异,该检测的平匀灵敏度跟 特异性分辨为100%跟 98%。

Thermo Fisher公司的产品管理主管Asia Chang说,Thermo公司的专利——标签测序技能跟 剖析软件是可能检测到低频变异的关键。像AmpliSeq一样,标签测序依靠于创建扩增子,然而分子标签是在扩增前加入。而后,剖析软件将带有相同标签的分子分为一组,这样可能确保变异筛查是准确的。由于是专利技巧,Chang拒绝吐露更多对标签测序进程的细节。

Oncomine Lung cfDNA Assay是针对肺癌的检测,公司目前还不打算让该检测通过监管局部的批准。Chang还表现,到今年年底,公司还将推出针对乳腺癌跟 结肠癌的检测。

不同于Guardant Health跟 Foundation Medicine等公司供应的液体活检检测是一种服务,Thermo公司的液体活检检测将服务于一个不同的市场,他们出售的是RUO试剂盒。

该检测也不同于西奈山的研讨职员在三阴性乳腺癌的临床实验中应用的检测。西奈山研讨职员打算招募53名患者,剖析轮回肿瘤DNA、循环肿瘤细胞以及生殖细胞DNA。他们应用的是Thermo公司的AmpliSeq Hotspot panel跟 Oncomine panels,辨别在Ion Torrent PGM跟 S5测序仪上运行,同时应用Cynvenio公司的LiquidBiopsy平台来分别CTCs跟 ctDNA。

Thermo跟 Cynvenio公司针对LiquidBiopsy平台签订了一个经销协议,使LiquidBiopsy平台结合Ion Chef样本制备仪器、Ion PGM跟 AmpliSeq Cancer HotspotPanel应用。

Chang表示,诚然新的检测跟 Cynvenio的LiquidBiopsy平台兼容,但这并不属于经销协定的一部分。该检测与LiquidBiopsy平台互补,LiquidBiopsy平台可分辨CTCs跟 ctDNA,新检测则专门针对ctDNA的剖析设计。对Oncomine Lung cfDNA Assay,标准的ctDNA分别技巧是MagMAX cfDNA分离试剂盒。

对该款检测进行回忆性验证研讨

葡萄牙波尔图大学分子病理学跟 免疫学研讨所(IPATIMUP)的研讨人员正在对该检测进行一项回想性验证研讨。他们花费了两年时间收集150名肺癌患者的血液样品,在诊断时、医治进程中,甚至复发时采集了每名患者的多份样品。

负责这项研讨的José Luis Costa说,“咱们想看看是否能将Oncomine Lung cfDNA assay应用到临床中。”目前该检测仅限于研讨利用,因此错误病人的治疗或管理产生影响。到目前为止这个检测看起来成果很好。研究小组顺便运用530 chip在S5测序仪上一轮运行了8个样本。他们周一提取DNA,周三出成果,全体进程非常快。该检测的一个优势是包括了分析,极大地加速了获取结果的过程。

Costa说,标签测序应用的新试剂也有助于检测低等位基因频率(低至0.14%)的渐变。新试剂可确保分子被计数,并降落了假阳性率,但他并不清楚这些试剂的所有细节。

他们盘算尽快在一份同行评审的期刊上发表这些成果,随后他们将进行一项针对该检测的前瞻性试验。一旦实现了回想性跟 前瞻性验证研讨,Costa还有兴趣将该检测利用到患者医治进程中进行监测。

素材来源于genomeweb

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